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甘丹颇章政权成立大会在当时的首府日喀则召开，那一天经声似海，旗幡如云，隆重热烈不消细说。五世达赖坐高台正中，固始汗与四世班禅分坐两侧，象征藏蒙联合政权建立。据《续藏史鉴》载：固始汗“率兵西支，尽夺噶玛政权，水马年，西藏王侯莫不俯首称臣，遂为西藏三部之王……王遂以西藏三区十三州政教全权悉以供养第五世达赖喇嘛”。固始汗承认达赖喇嘛为最高精神领袖，也是西藏一切权力的最终所有者，双方共同任命一位藏人出任第巴一职，协助治理。这是一种过渡性的二元权力结构。
固始汗提议：“佛爷，小藏巴汗官邸宏大，可否请佛爷法驾西移。”
五世达赖略一想说：“多谢汗王美意。甘丹颇章乃前世所居之地，俗话说一动不如一静，就不必搬迁了，诸事由第巴协助汗王处置即可。”
“也好。弟子思之再三，第巴一职甚为关键，可否由总管大人出任，请示下。”
这有点儿出乎五世达赖预料，他想了一会儿说：“好吧，索南与汗王相识日久，多次配合，出任第巴倒也合适，不过凡事还是以汗王为主。”
五世达赖返回拉萨后，在大昭寺广场举办了庆祝新政权成立大法会，散会后，僧人们留在广场彻夜狂欢。哲蚌寺那个一向凶巴巴的格贵大喇嘛，边扭动身子边哼唱起家乡边坝的小曲，逗得众僧大笑。半夜时分，人们发现西边远处山坡上亮起了一盏盏灯，越来越密，最后整面山坡都亮了，像是在火焰中燃烧，山下寺院灯火通明，仿佛透明一般。这就是哲蚌寺着名的十万佛灯，伴随着点亮一盏盏酥油灯的，是彻夜不息的羊皮鼓金锁呐。
固始汗将小藏巴汗宫中全部财宝奉献给五世达赖，将其宫殿、府邸拆毁，同时将其新建的噶玛大寺扎什日伦推平，木料、器具、佛像等各种物品统统运往拉萨大昭寺存放，供甘丹颇章政权使用。
丧失政权的噶玛噶举派不甘心失败，极力煽动，想利诱噶举宗中其他派系合谋推翻甘丹颇章。黑帽法王曲引多吉潜至山南洛扎地区，将上次在杂芒错被击溃的残余力量重新集结发动武装反抗，密派被固始汗宽恕得以漏网的却英去鼓动止贡噶举起兵动手，互相呼应。止贡活佛仁钦曲扎披挂上阵，联络潘德寺噶举僧人和一批部落首领，强占黄庙，驱赶杀戮格鲁僧人，一时声势不小。固始汗派大公子丹增率蒙古骑兵和支持黄教的部落民兵，赶往工布地区痛加围剿，派七公子扎什攻击洛扎地区，又派图布率兵讨伐其他零星反抗武装，前后用了两年，全藏息平。
黑帽法王曲引多吉翻过大山逃到云南丽江沐土司处，后经与格鲁友善的噶举达垅寺活佛从中调解，18年后，曲引多吉返回西藏，与五世达赖会见达成协议：噶玛派承认新政权的统治地位，接受第巴府派员长期驻寺监视，五世达赖同意他返回本寺——楚布寺，返还庙产和个人财物，宗教活动照常进行，只是对寺庙僧人数量作了限制。
