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最早出现的鲸类为原鲸科,生活在 5000万年前,化石分布在亚洲、非洲及北美。科学家对于在现今巴基斯坦发现的巴基鲸了解较多,这个生活在约 5300万年前的生物化石,头部鼻孔已移向后方,具有狭长脑室,且仍具有后肢。

较先进的古鲸,是曾经被认定为爬行动物的械齿鲸科,该科大约存活在 3800-4500万年前,类似的化石也广泛的在新西兰甚至南极被发现。这显示古鲸在 4000万年前便已扩散到南半球。

较先进的古鲸中另一分支,是至少包含有 6种动物的硬齿鲸亚科,它们有较窄小的上颚,可能为滤食性;或是像现生大多齿鲸般,能藉此构造迅速夹住鱼、乌贼及鸟。

经历漫长的演化过程后,古鲸的各个支系在渐新世逐渐灭绝,仅有两个分支繁衍至今,即须鲸和齿鲸。

现代鲸类分为须鲸小目和齿鲸小目,都演化自古鲸小目,在 3400万年前的渐新世初期便已分化。古鲸小目实际上是个并系群,包含了已灭绝的古代鲸类的最近共同祖先,但未包含其最近共同祖先的所有后代(即现代鲸类)。

须鲸小目种类较少,现存约 15种,分属 4科:露脊鲸科、新须鲸科(或小露脊鲸科)、须鲸科、灰鲸科。须鲸口内无齿,上颌长有帘幕般的角质鲸须,滤食磷虾、头足类等。体积庞大,体长至少 6米。须鲸有两个鼻孔,换气时可以喷出两股水柱。

齿鲸小目种类繁多,现存约 75种,分属 9科:抹香鲸科、小抹香鲸科(侏儒抹香鲸科)、恒河豚科(淡水豚科)、喙鲸科(剑吻鲸科)、亚河豚科、拉河豚科、海豚科、鼠海豚科、独角鲸科(一角鲸科),另有 1个单型的白鱀豚科,被认为已于 21世纪初功能性灭绝。齿鲸口内无须,但有牙齿,多呈圆锥状,主要以乌贼、鱼类为食。鼻孔只有一个。体型差异较大,从 1米长的侏海豚到 18米长的抹香鲸不等,通常雄性大于雌性。

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