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取材后，为了防止组织器官细胞死亡后引发的水肿而影响镜下的观察，法医要对取下的检材进行“脱水”。这道工序是把组织器官里的水分都去掉，用的仪器设备是脱水机。
脱水完毕后，法医要进行“包埋”的工序。包埋的工具类似于大家冰箱里用于制作冰块的格子盒，法医将这些格子盒里装满加温融化的石蜡，然后将脱水后的检材放进去，等蜡凝固，检材就被石蜡包埋在里面，就像是琥珀一样。做好的蜡块就是一个一个小立方体，人体组织就在立方体的中间。这道工序，是为了方便下一步切片。
切片使用的仪器是切片机。切片机对一个法医很重要，别看只是个小小的机器，它能把蜡块中的组织切成很薄很薄的片。这些薄片薄到只有一层细胞，为了不出现在镜下多层细胞重叠并有碍观察的情况，必须要达到一定的标准。切下来的薄片，放在摊片机里，就会因为水的张力作用而张开，周边的蜡融化，只剩下一层薄薄的组织。切片和摊片是技术含量最高的两步工序，如果法医的技术好，则可以一次成功，如果技术不好，则要反复切、摊。当然，取下来的检材有限，所以也由不得法医不停地去切，所以技术好可以节省检材，以备今后复核检验。
法医这时候会拿着一张载玻片放进摊片机里，小心翼翼地把组织薄片放置在载玻片上，这一步要求组织片不能打皱或者重叠。把组织片成功地放置在载玻片上以后，法医就要进行最后一步工序——染色。因为未经染色的细胞没法在显微镜下进行观察，所以只有用一些特定的染色方法（常用的方法是HE染色），把细胞质和细胞核分别染色了，才能更清楚地观察细胞形态、分辨细胞种类，以及判断细胞是否正常。染色干燥后，在载玻片的中央组织片处，覆盖上一层盖玻片，就可以在显微镜下进行观察了。之前所有的工序，都是定式，只要学习操练过都可以进行。最难的一步，就是最后的阅片。必须具有大量组织病理学知识的法医，才能准确、客观地通过阅片而诊断出死者组织器官的异常情况，从而明确死因。就像是病人之前的挂号、分科、引导工作，都很简单，而最后的诊断则必须要由经验丰富的医生来进行。
有的时候，真相就在这一张张切片中，慢慢呈现。当然，法医组织病理学检验的意义，远远不止分辨伤病关系这么简单。有的时候，法医对于损伤的判断，甚至对于生前伤死后伤的分辨也要依靠法医组织病理学来进行。
【案例】某人在接受警方询问的时候，趁警察不注意，突然从窗户一跃而出，高坠死亡。但因为是在警务工作中突然死亡的案例，所以检察院介入了调查。经过检察院法医检验，认为死者确实符合高坠死亡的特征。家属为了索取赔偿，对这一结论并不满意，所以通过私人关系找到了某知名法医。令人意想不到的是，这名法医仅仅通过尸体照片，就判断死者手上的两个黑点是电流斑，从而枉言死者在生前遭受过警方电棍的电击。这一事件曾经在网络上引起轩然大波，两名民警也冤屈入狱。为了查清真相，相关部门组织法医专家，对死者手上的黑点进行了法医组织病理学检验。通过检验，确定这两处黑点只是生理特征，并没有电流通过的组织病理学特征，从而用确凿的证据证明了死者生前并没有遭受过刑讯逼供。
这个故事告诉我们，法医组织病理学在很多时候会发挥重要作用。同时，这个故事也教育我们，凡事要以科学说话，要以证据说话，信口雌黄只会被别人用证据来猛扇耳光。
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