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经过数小时的激烈战斗，西部的马耳他人被迫投降。
拿破仑与堡垒首都瓦莱塔（Valletta）展开谈判。
面对远远强于自己的法国军队和西马耳他的失守，大团长同意投降。
霍姆佩施于6月18日离开马耳他前往的里雅斯特（Trieste）。
他于1799年7月6日辞去大团长职务。
骑士们虽然分散，但骑士团依然以减弱的形式存在，并与欧洲各国政府谈判，寻求在德意志中介化过程中重新获得权力。
俄罗斯皇帝保罗一世（Paul I）为最多骑士提供了在圣彼得堡（Saint Petersburg）的庇护，这一举动催生了俄罗斯的骑士医院传统，以及骑士团在俄罗斯帝国骑士团中的认可。
在圣彼得堡的难民骑士们选举保罗沙皇为他们的大团长，这使得他成为霍姆佩施大团长的竞争对手，直到霍姆佩施退位，使保罗成为唯一的大团长。
保罗一世除了天主教大优先区外，还创建了一个“俄罗斯大优先区”，其下有不低于118个指挥部，规模庞大且向所有基督徒开放。
然而，保罗作为大团长的选举从未在天主教教规下得到确认，他实际上是骑士团的事实上的大团长，而非法理上的。
