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而在次年的抡才大典中，七人全部及第，且全都点中翰林，使‘琼林七子’的名号遍及天下，各地学子纷纷登名社录，争入琼林之门。琼林诸子也不遗余力的栽培进门弟子，大有把持科场之势。
从嘉靖四十一年起，至今八次春闱加两次恩科，共十次大比中，三十名一甲进士，琼林派占了六成，七百名二甲进士，琼林派占了五成，两千五百名三甲进士中，也有三成左右……这还是万历皇帝在八年、十一年的殿试中，故意排挤琼林派出身的进士的结果。
对琼林派把持科场，自然有人看不顺眼，一些北方和西南士人便公开说：‘孰元孰魁，孰先孰后，琼林已编定无遗人矣。’但无论如何，沈默当初设想借广收门徒，以控制士林、把持科场，最终达到左右政权之目的达到了。
最早的琼林诸子，在万历初年便当上了侍郎尚书，甚至登阁拜相，把持了万历初年的朝政。尽管他们与晋党以及万历皇帝的斗争中纷纷下野，然而他们的首代弟子已经成长起来，纷纷上位接替，继续把持内阁六部、两京各省……
万历自然不会罢休，他继续斗争，继续把琼林派赶出朝堂，至少赶出北京，眼不见心不烦。据说在东暖阁有一扇屏风，上面密密麻麻写满了琼林派成员名单，每当吏部拟任命官员，万历就让人在上面找名字，没有，通过，有，否决。他希望以这种方式，来渐渐完成对琼林派的清洗，应该说是个很稳健的办法。
然而魔高一尺道高一丈，万历九年留都大会，琼林派成了王门盟主，换言之，全天下的王门中人，不管是泰州派还是浙中派，亦或是江右派、这种小派别的，都要听其号令。而在两代首辅的强力推广下，天下不信王学的读书人，不是不多，而是凤毛麟角。
就像孙猴子跳不出观音菩萨的五指山，无论万历皇帝用谁，都是琼林派的人。这种挫败，换了谁都受不了，万历皇帝才宁缺毋‘琼’，索性一个官员也不任命。
其实万历也不是破罐子破摔，他这是抱着宁肯朝堂一空、朝政废弛，也要将琼林党人清洗掉的决心。这对琼林派的打击当然很大，至少那些以求取功名为目标的士子，已经打着重振理学的旗号，在与琼林派划清界限了。
但这并不能影响琼林派眼下的强盛，不说形同虚设的京城，单说南京六部和地方督抚，基本上都是琼林门下。而北京政权的缺位，使地方官员的权力膨胀迅速，基本上各省军政事务，都是由各省督抚自决，所以没有琼林派的默许，任何行动都别想顺利进行。
