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接下来的几年当中，伊西斯秘密和阿瑞斯一起工作。这一次的工作她又瞒着雅努斯，阿瑞斯正确地指出，他一定会反对这件事的。伊西斯知道阿瑞斯仍在隐瞒某些信息，他告诉她的只有完成他需要的实验所需的最低限度的信息。他一再重复同样的理由：哨兵和衔尾蛇相关的信息是保密的，把相关的全部细节向伊西斯披露会损害无数个世界的安全。
伊西斯知道自己被利用了，但是她觉得自己无路可逃，别无选择。年复一年，她更加无法对雅努斯坦白一切，她不能再背叛他了。
一次又一次的休眠周期。她每次退回到自己的休眠舱中时，都希望阿瑞斯能实现自己的诺言，希望下次醒来时会听到阿瑞斯宣布8472号亚种已经准备好了，宣布亚特兰蒂斯人即将重新统一。
这一次她醒来时听到的仍然不是那个好消息，而是一阵警报声。在休眠舱外的屏幕上亮起了人口数警报。伊西斯看着显示，意识到了阿瑞斯的背叛行为规模之大：在世界各地，人类的几个亚种都濒临灭绝——三个亚种同时如此，但他的武器8472号亚种除外。
雅努斯即便发现了真相，也没有说出来。他所做的正如伊西斯所想：匆忙前往拯救他能拯救的物种，8470号亚种——他们之后会被地球人称为尼安德特人。阿尔法号登陆舰在海滨降落——这里以后会被叫作直布罗陀。雅努斯和伊西斯着装完毕，离开飞船，然后把最后一个还活着的尼安德特人带了回去。
他们刚回到飞船，爆炸就袭来了。船身被爆炸撕成了两半，雅努斯和伊西斯被震得跌跌撞撞。他们把那个尼安德特人放进一根休眠管中，朝着舰桥奔去。
“阿瑞斯背叛了我们。”雅努斯最后说。
伊西斯欲语不能。时间一秒秒过去，她觉得雅努斯已经明白了全部真相，但他什么也没对她说。他聚精会神地在控制台上进行操作。他锁死了登陆舰，然后激活了他们的深空飞船上的反闯入程序，保证阿瑞斯一旦试图利用它就会被困住。爆炸又一次让船身晃动，把伊西斯甩到了墙上。她在昏昏沉沉中抬头望去。雅努斯穿过房间，在她身边跪倒，凝望着她的面容。透过他头盔上透明的观察窗，她能看到他脸上流露出了些微感情——痛苦，伤心，遭到背叛。伊西斯很想向他坦白，告诉他一切，请求他的原谅，但她什么也没说出来。雅努斯扛起了她，他宇航服中的外骨骼系统很轻松地撑起了她的重量。他在登陆舰的走道里飞奔，冲进了传送门，进入了方舟中。伊西斯记忆中看到的最后一幕是阿瑞斯朝她开火了。她从雅努斯的双臂中滑下，半途就已经被这一枪杀死了。
凯特浑身都被汗湿了，每一次呼吸都让她感觉自己快被溺死了。现在她已经看完了所有的记忆——她与生俱来的那些，还有雅努斯试图对她隐瞒的那些，而且她还知道这些之外的一些事。阿瑞斯那天在复活方舟里也朝雅努斯开火了，但没能杀掉他。雅努斯成功通过传送门逃回了阿尔法号登陆舰上，飞船在直布罗陀海滨被破坏后，被深埋在了海底。雅努斯被困在了靠近摩洛哥的一部分残骸中。他非常想要把他的搭档在阿尔法号的另一部分上复活，但由于没有接收到她的死亡信号，飞船拒绝执行命令。他努力了好多年，在静滞舱上试用过无数的方法。
