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与此同时，正坐在由新城驾驶的海豚0号里到新西兰海底进行勘察的崛井发现这座海底宫殿正如队长所说的，不像人类所建造的，可那会是谁呢，三千万年前，那么遥远，谁会在这里建造。
大古与丽娜接到队长的命令后，丽娜立刻驾驶着白雪号带着大古返回基地，在返回基地的路上，他们发现世界已被笼罩在一片黑暗里，丽娜不禁担心起来，问
“大古，这次，我们能赢吗？如果我们的命运注定灭亡，大古说这算什么命运，他们一定要改变它，”
丽娜受到大古的鼓舞，不禁点了点头。还没进入基地，他们就惊见基地已被黑雾笼罩，他们赶紧进入基地。
此刻，基地内部的人也发现了异常情况，野瑞用电脑探测到一种不明物体从基地底下正在往上冲，可安全防御系统却没有启动，也没有任何质量的反应，野瑞正在不知所错时，大家又接到一个坏消息：
美国的tpc支部——布鲁特队全军覆没，那些佐加飞得比他们的战斗机还要快。
这时，大古与丽娜回来了，他们把基地被黑雾封锁的事告诉给了大家，正在大家商量对策间，八尾博士突然慌慌张张地跑来说f4机库出问题了，野瑞用对讲机与f4机库里的职员进行联系，却没有应答，大家赶到事情不妙，宗方立刻带着大古赶到f4机库，
与此同时，从太平洋的海底突然冒出了一只巨大的怪兽，它就是黑暗的支配者——加坦杰厄。
宗方与大古来到f4机库，只见黑雾已逼近了f4机库，f4机库里的工作人员正在慌忙逃跑，队长赶紧命丽娜用电脑把亚克迪斯号调离f4机库，丽娜把亚克迪斯号调上了号起飞轨道，泽井命f4机库的工作人员都到亚克迪斯号里去避难。
被黑雾笼罩的范围在不断地扩大，宗方把防御门关上，可黑雾竟从门缝里钻了出来，用物理的力量根本阻止不了它，泽井见此状况，不得不下令让所有的职员到亚克迪斯号里去避难，可吉冈却不肯，他说誓死也要保住基地，决不能把基地拱手让人，泽井生气了，说胜利的前提条件是他要活着，正在两人争执间，丽娜惊见黑雾已慢慢逼进了司令室。
