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不知何种原因，数码世界开始出现大量数据断层，数码世界崩塌，史上最强病毒风暴来袭，13位传说中的骑士拼命挽救，但仍有无数不幸的数码兽被卷入其中，化为数码蛋坠入人类世界，因此步入新世纪的人类成立了数码驯兽师协会，并建立驯兽师学院，将所有捡到数码蛋并孵出数码兽的人类录取培养成为强大的驯兽师以备不时之需。数码兽可以和搭档一起在协会分会登记身份生活在人类世界。
至于数码世界为什么会出现断层?为什么数码蛋会坠至人类世界?人类从未停止探索，可一切仍然是谜。但人类中也涌现出卓越的驯兽师——七大执政官，他们是第一代学员中的佼佼者，曾经病毒风暴入侵人类世界，就是他们和自己的伙伴一起抵挡住，拯救了人类世界。一切都有条不紊地发展着，直到2099年——一个特殊的事情在皇家骑士和世界树间发生……
会议室门开了，一个黑色的身影走了进来“你终于来了……”
没等世界树话说完，那个身影抢先开口：“世界树，你想干什么?”
“不许无理，谁允许你这么和世界树大人说话的?”杜纳斯兽看他这么无礼，怒吼道。
“我无理?!别闹了杜纳斯兽，你今天出门难道没带脑子吗？事情闹了这么长时间了，现在我们的世界和人类世界融合越来越严重，我们拼命修补世界树竟然毫无动静!更严重的是这么强的病毒风暴怎么可能只是世界迁徙造成的，世界树，你难道不准备给我们一个解释吗？”黑色身影轻蔑地瞥了一眼他
“你……”杜纳斯兽显然被刚才的话呛住。
“都闭嘴！你们两个，现在还没搞清楚什么情况，不能妄下定论！出了这么大的事我们都很着急,但越是这样我们越要冷静。”奥米加兽打断两人的争执。
“好吧，现在我只想问世界树大人，您的那个计划是什么?还有，您打算怎么解决这个问题？”黑色身影耸耸肩。
“我不是已经说过了吗，时代变迁，我们必须改造我们的世界，否则数码世界就会发生不好的事情。至于病毒风暴只是扩充中出现的变异罢了，再过一段时间自然会消失，你们只需做好防卫和救援工作就好了。”世界树说完。一时间，会议室陷入了死一般的沉寂。
