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被冠以“舰船”之名的少女们在一个名为碧蓝航线的基地生活着，同时也为了抵抗未知的敌人“塞壬。”
塞壬的出现瞬间将人类海洋霸权夺取了，她们拥有超越人类的科技，而人类在对抗塞壬中发现了一种名为“心智魔方”的物体，通过这种物体能人类造出跟塞壬对抗的舰船，但是因为理念的不同人类开始内战分为了两股势力。
一股是依靠自己的科技来对抗外来之敌“塞壬”的碧蓝航线，另一股则是利用塞壬科技来对抗碧蓝航线和塞壬的赤色中轴，无穷无尽的战争成为了她们的宿命，不仅要消灭塞壬还要和曾经的同伴战斗，而乱世造英雄，这一局面也将被打破。
一个戴着斗笠的浪客乘着船在大海中驰骋，我也本是人类总部的一员海军上将，然而看不惯高层的作风。
“为什么我们要对自己人拔刀相向，就不能共同对抗眼前的敌人吗。”
“你懂什么，人类的未来绝不能交到那群家伙手里，我们拥有的技术在他们之上凭什么要把未来交给他们。”
“就算是这样那现在也应该共同对敌才对，我们为了获得这技术牺牲了多少人。”
我愤怒地拍了拍桌子，他对我说道：“我明确的告诉你，你现在被撤职了，在这扰乱军心，妖言惑众，人类的未来交给他们的话我们早就完了，之所以能有现在也是依仗着我们所拥有的技术。”
被撤职后我整日买醉，那些牺牲的兄弟们究竟算什么，现在居然要搞内战我是没办法接受，我极度愤怒，数不清的兄弟在我眼前牺牲，倒在我的怀里换来的技术，现在因为他们的理念和野心搞分裂和内战。
“真是讽刺啊，现在完全不顾大局，拥有力量后满足自己的野心。”
