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圣彼得：你因神学而得享盛名？
尤利乌斯：没这回事。我不断在打仗，没时间搞这个。[1]
伊拉斯谟如此贬损尤利乌斯二世的学术和宗教成就。在神学研究上，这位教皇的确不如他叔伯西克斯图斯那样杰出，但在奖掖学术上颇有建树。伊拉斯谟贬斥尤利乌斯在任期间的学术成果全是“华而不实的舞文弄墨”，只为讨教皇的欢心[2]，但其他人的看法却较为肯定。教皇提倡设立梵蒂冈图书馆等公共机构，进而重振罗马的古典学术学习，这点特别受其支持者的赞扬。例如一五○八年的割礼节，诗人暨传道者卡萨利在西斯廷礼拜堂讲道，颂扬教皇奖励艺术和学术功绩卓著。[3]卡萨利慷慨说道：“您，至尊的教皇，尤利乌斯二世，当您如起死回生般唤起那一蹶不振的学术界，并下令……重建雅典以及她的露天体育场、剧场、阿西娜神殿之时，您已建造了一个新雅典。”[4]
拉斐尔抵达罗马时，距他这篇讲道已过了将近一年。但这位年轻画家后来绘饰署名室第二面墙面湿壁画时，就以尤利乌斯建造新阿西娜神殿的概念为主题。为《圣礼的争辩》投入将近一年时间后，一五一○年初，他转移到对面墙壁，“哲学缪斯”（Muse of Philosophy）的下面，开始绘制自十七世纪起通称为《雅典学园》的湿壁画（因某法国指南如此称呼而沿用至今）。[5]《圣礼的争辩》以众多杰出神学家为特色，这幅新湿壁画则位于教皇打算放置其哲学藏书的地方的上方墙面上，画了许多希腊哲学家和他们的学生。
《雅典学园》画了包括柏拉图、亚里士多德、欧几里得在内的五十多位人物，群集在古典神殿的花格镶板拱顶下，或讨论，或研读。神殿内部颇像布拉曼特设计的圣彼得大教堂内部。据瓦萨里的说法，布拉曼特曾帮拉斐尔设计这面湿壁画的建筑要素。这位伟大的建筑师这时虽然仍负责督造新大教堂，有数千名木工和石匠归他指挥，但似乎还不至于忙到抽不出时间帮他这位年轻的门生。[6]拉斐尔则以布拉曼特为模特儿，画成欧几里得，回报他的关照，并表示敬意。画中弯着腰，手拿圆规在石板上说明自己发现的定理者，就是欧几里得。
除了布拉曼特，拉斐尔还画进了曾指点过他湿壁画的另一个人。画中的柏拉图（秃头、灰金色头发、长而卷曲的胡子），一般认为就是以达·芬奇为模特儿画成的。为柏拉图套上艺术家的脸庞，此举多少带点嘲讽意味（拉斐尔本人或许正有此意），因为在《理想国》一书中，柏拉图痛斥艺术，将画家逐出他的理想国。不过，将这位才气纵横的艺术家与欧洲最伟大的哲学家合而为一，或许与达·芬奇的学问和成就有关，毕竟一五○九年时他已是全欧洲的传奇性人物。此外，此举也是向仍是拉斐尔灵感来源的这位大画家致敬，因为环绕毕达哥拉斯（画面前景左侧）身边的众人物，都仿自达·芬奇《三贤来拜》（<i>Adoration of the Magi</i>）中簇拥在圣母玛利亚身边的那些神情生动鲜明的人物。[7]达·芬奇这幅祭坛画始绘于三十年前，但终未完成。
这面湿壁画向达·芬奇致敬之举，似乎意味着这位伟大贤者就像柏拉图一样，是万人必须师法的导师。有位艺术史家认为，这种师徒关系是拉斐尔创作上的一大特色。[8]《雅典学园》画了多处师生关系场景，可见到欧几里得、毕达哥拉斯、柏拉图之类哲人身边围绕着弟子，此中意味着学得以哲学角度思考事情的过程与拜师学艺懂得作画的过程无异。[9]拉斐尔也把自己画进画里，但颇谦逊自抑，让自己厕身于亚历山大天文学家和地理学家托勒密的弟子群中。不过，以他在署名室的非凡表现，他就要成为当之无愧、望重艺坛的大师，年轻后辈争相拜师请教的对象。瓦萨里曾描述道，这位年轻画家身边总是簇拥着数十个弟子和助手，景象和《雅典学园》相像，仿佛“他每次上朝，一如每次出门，身边必然都会跟着约五十名画家，全是能干而优秀的画家。他们紧随他，以示对他的崇敬”。[10]
因此，和蔼可亲又受欢迎的拉斐尔，正是他在《雅典学园》所描绘的那种群体里很讨人喜欢的一员。他性情宽和仁厚，从他将索多玛画入这幅湿壁画中可见一斑。画面最右边，身穿白袍，肤色黝黑，与琐罗亚斯德、托勒密高兴交谈之人，就是索多玛。[11]索多玛虽已不在署名室工作，但拉斐尔仍将他画入画中，或许是为了对他此前在拱顶上的贡献表示敬意。
这种热切和善的交际气氛（和艺术风格），当然和孤僻、自我的米开朗琪罗格格不入。米开朗琪罗的群体场景，例如《卡西那之役》或《大洪水》，从未见到姿态优雅、温文有礼、讨论学问的群体，相反，总是人人为生存而极力挣扎、四肢紧绷、躯干扭曲。米开朗琪罗身边也从无弟子环绕。据说，有次拉斐尔在大批随从的簇拥下要离开梵蒂冈，在圣彼得广场中央正好遇上一向独来独往的米开朗琪罗。“你跟着一群同伙，像个流氓。”米开朗琪罗讥笑道。“你独自一人，像个刽子手。”拉斐尔回道。
