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教皇自六月从拉文纳回来后就一直很忙。七月中旬，他在圣彼得大教堂的铜门上贴上诏书，宣示召开自己的教会全体公会议。这场公会议预定于来年在罗马举行，意在反制路易十二和他身边那群搞分裂的枢机主教们所要召开的同类型会议。接下来，教皇积极拉票、动员，分送教皇通谕，派遣使节到欧洲各地，以壮大自己公会议的声势，孤立对手。当然，在这时候，他仍跟往常一样大吃大喝。
为了疏解辛劳，八月初，疲累而忧愁的教皇赴台伯河口的古罗马港口奥斯提亚进行了一天的雉鸡狩猎。教会规章严禁神职人员狩猎，但就像先前对待禁止蓄须令一样，他完全不理会这项规定。他非常喜欢猎雉鸡，据随行参与这次狩猎的曼图亚使节说道，每用枪打下一只，教皇就会抓起血肉模糊的小动物，展示给“身边的每个人看，同时放声大笑，讲话讲得口沫横飞”。[1]但是在八月天，走在奥斯提亚蚊子横飞的沼泽地，猎杀空中的飞鸟，实在不甚明智。回罗马不久，他就出现微烧。几天后复原，但圣母升天节那天，他很可能仍不舒服。湿壁画揭幕几天后，他就病重。
相关人士都认识到，教皇这次的病比去年那次要严重许多。“教皇就快要死了，”围攻米兰多拉城时曾目睹尤利乌斯神奇复原的威尼斯使节利波马诺写道，“枢机主教美第奇告诉我他撑不过今晚。”[2]他挨过了这一晚，但隔天，八月二十四日，病情却恶化到药石罔效，教皇开始接受临终圣礼。尤利乌斯本人也深知自己大限不远，于是仿佛告别演出般撤销了对波隆纳、费拉拉的开除教籍令，赦免了侄子佛朗切斯科·马里亚。德格拉西写道：“我想我的《起居注》大概要就此停笔，因为教皇生命即将走到终点。”[3]众枢机主教要德格拉西筹备教皇丧礼，准备召开秘密会议选举新教皇。
教皇重病导致梵蒂冈陷入无法无天的混乱。尤利乌斯卧病在床、动弹不得时，他的仆人和教皇内府的其他人员（施赈吏、面包师傅、执事、管葡萄酒的男仆、厨师），全都开始收拾自己在宫中的财物，此外还开始掠夺教皇的东西。众人乱哄哄争抢时，教皇寝室里，有时除了年轻人质，十岁的费德里科·贡萨加，就没有人照顾垂死的教皇。从拉文纳回来后，尤利乌斯就非常喜欢费德里科，而眼前，在他垂死之际，似乎只有这个男孩不会背弃他。
梵蒂冈外的街头，也出现无法无天的场面。“城里一片混乱，”利波马诺报告道，“人人都带着武器。”[4]科隆纳（Colonna）和奥尔西尼（Orsini）这两个世代结仇的男爵家族，决意趁教皇行将就木之际控制罗马，建立共和。两家族代表赴卡皮托尔山与罗马某些民间领袖会面，宣誓捐弃歧见，共同为建立罗马共和国而奋斗。起事领袖庞贝·科隆纳向群众演说，呼吁他们推翻教士统治（意即教皇统治），夺回古时拥有的自由。震惊的利波马诺写道：“历来教皇临终前，从未出现如此刀光剑影的场面。”[5]眼看大乱就要发生，罗马的警政署长吓得逃到圣安杰洛堡避难。正值准备在礼拜堂西半部搭起脚手架绘制《创造亚当》，米开朗琪罗发现面临着新变量。枢机主教阿利多西在拉文纳遇害后，他已失去一位盟友和保护者。教皇若也死了，他的工程将面临更严峻的阻碍。他深知，湿壁画工程不仅会因西斯廷礼拜堂举行推选教皇的秘密会议而延搁，选出新教皇后，甚至可能完全终止。利波马诺记述说，枢机主教圈已共同认识到，胜利很可能落在“法方”，即选出支持路易十二的枢机主教为新教皇。只要是亲法王者当选，不管谁当选，他的湿壁画都可能要大难临头，因为亲法王的教皇大概不会乐见西斯廷礼拜堂成为罗维雷家族两位教皇的纪念堂。平图里乔在波吉亚居室墙面所绘的旨在颂扬亚历山大六世的湿壁画，尤利乌斯上任后未下令刮除，但新教皇上任后未必如此自制。
就在这一片混乱之际，尤利乌斯奇迹般地出现复原迹象。他一直是个不听话的病人，这次死到临头还是一样。医生嘱咐不可吃沙丁鱼、腌肉、橄榄，以及当然在禁饮之列的葡萄酒，他依然照吃（当然是在他极难得能进食的时候）。御医只好任由他去，心想他不管吃什么、喝什么，终归要死。他还叫人送上水果（李子、桃子、葡萄、草莓），由于果肉吞不下去，他只能嚼烂果肉、吸取汁液，然后吐掉。
就在这奇怪的治疗下，他病情好转，不过御医还是给他开了较清淡的饮食，即原味清汤。他拒喝这种清汤，除非是费德里科·贡萨加端来。“在罗马，每个人都在说如果教皇复原，都是费德里科先生的功劳。”曼图亚使节骄傲地告诉这男孩的母亲伊莎贝拉·贡萨加。[6]他还向她夸耀，教皇已让拉斐尔将费德里科先生画进他的湿壁画里。[7]
到了这个月底，接受临终仪式后一个礼拜，教皇已好到能在房内听乐师演奏，和费德里科下古双陆棋（与巴加门类似的棋戏）。他还开始计划镇压卡皮托尔山上的共和派暴民。得知教皇神奇复原，这些叛乱分子惊恐万分，很快就作鸟兽散。庞贝·科隆纳逃出城，剩下的阴谋作乱者很快自清，否认自己有意推翻教皇。几乎是一夜之间，和平再度降临。看来光是想到尤利乌斯仍活得好好的，罗马这群最无法无天的暴民就不敢为非作歹。
教皇康复想必让米开朗琪罗松了一口气。这时他已获准继续他的工程，礼拜堂西半部的脚手架于九月间搭好，十月一日，他拿到第五笔款子四百杜卡特，至此，他总共拿到两千四百杜卡特的报酬。脚手架重新搭好之后，停笔整整十四个月的他们，于十月四日再度提笔作画。
